Các trung tâm phục vụ hành chính công đang đối mặt với khó khăn về hạ tầng, thiết bị và nhân lực. Để duy trì hoạt động, một số địa phương đã phải huy động thanh niên tình nguyện và doanh nghiệp hỗ trợ. Thống nhất một mô hình tổ chức chung cho hệ thống trung tâm đang là hướng giải quyết được chú trọng. Ngoài ra, vấn đề phụ cấp cho cán bộ, công chức cấp xã cùng bài toán phụ cấp khu vực cũng đang được tập trung giải quyết.
